“一直以來我們用的都是小型機，業務量的增加讓我們必須購買新服務器。到底繼續用小型機，還是改弦易張?”中國科學院上海生命科學研究院生物信息中心(以下簡稱中心)選型的經歷才剛剛開始。
小型機變成機群
“生物計算運算量大，對浮點運算和吞吐量要求高，在某種程度上可與大家都知道的復雜性高、運算量大的地質運算、油氣層運算相比。”中心上來就給自己定義了工作的難度。其實，中心最主要的任務是開展和促進生物信息技術領域的原始性創新研究，建立生物信息分析、數據挖掘和知識發現的技術體系。
現在中心承擔著生物信息資源的收集和管理服務、生物信息學研究等眾多任務。為了完成任務，中心運行著MPI、OpenMP、PVM等很多專業分析軟件。而這些軟件的普遍特性就是運算量大，對平臺挑剔。
一直以來，中心大規模計算都使用的是某國際知名廠商的小型機。剛開始，中心只負責為上海地區提供生物運算分析的任務，隨著中心業務不斷擴大，上海地區已經遠遠不能滿足中心需求，他們將觸角伸到了上海周邊地區，這就意味著數據量和運算量的陡增。購買新的服務器成為中心持續發展的必要條件。
“按常理來說，這種購買只是系統擴容，照以前的拷貝一份就可以，起碼用著一直不錯的小型機應該是首選。”中心最早打的也是這樣的如意算盤。既然以前一直不錯，干脆這次復制一個好了。還用得著考慮什么選型問題嗎?
當然得考慮。在IT產品不斷推陳出新的今天，為什么非要守著價格動輒上百萬，每年維護費用又在十萬以上的小型機?是不是可以找一個替代品，又能省錢，又能完成計算任務?
別忙!換產品可以，可是得完成運算任務。再便宜，也不能買了沒法用吧。
中心先仔細分析了一下對服務器計算能力的具體需求。從運算能力、運算特點來看，中心要求服務器能支持并行計算，支持批處理運算。同時，中心運行的有很多分析軟件，比如計算分子生物學算法、生物開發專用軟件環境等，新服務器必須能支持這些軟件。其余更為細節，但也是明確門檻的要求是:浮點計算能力到1000億次/秒，內置大容量存儲設備，相關設備能夠相對獨立，比如電源。
當然小型機也算是理想。但除小型機之外，機群也可以考慮。單個性能并不算太高，但有機、可靠整合的機群系統，從指標上能滿足計算需求，也能保證系統的安全可靠。
先拿張紙算算機群的好處有哪些，是否值得換。中心是這樣認識機群的。首先它便宜，比起同檔次的小型機，購買價格和后期維護費用都小很多。其次，機群也能滿足中心的計算能力。無論是中心要求的生物分析、進化分析、比對軟件等并行計算能力，還是序列比對等批處理計算能力，機群都可以滿足。同時，在中心看重的大存儲方面，機群的數據存取也讓中心比較樂觀。
不過選擇機群也不是百分之選，比如，在小型機上“跑”慣了的應用軟件，突然轉移到機群上行不行?要做多大的轉變和接口轉換，中心能力行不行，機群提供商能給多大支持?
國際品牌改為國內
服務器國內外廠商有很多。中心列了一張大表，挨個寫下自己比較熟悉的國際大廠商，用排除法選型。
最早心儀的是DELL服務器，便宜，性能好，而且不少用戶也在青睞DELL。但一比對數據發現，DELL沒有機群解決方案。白忙活一場!還是看看幾個專業機群廠商吧。
Sun當然也是不錯的選擇。作為國際知名解決方案提供商，Sun的產品和服務不用懷疑，其中間件產品跨平臺性不錯，軟件體系非常完善。但在價格上，還是偏貴。另外，Sun不能按照中心計算方法進行定制服務，也不能滿足移植需求。
中心開始將眼光轉向國內。在國內品牌選擇上，2003年聯想深騰以4.183萬億次的LINPACK速度列世界第14位的信息一下子打動了中心。聯想在機群體系上已經建立了品牌和知名度，而且，有數據表明其在國際上的排名也不錯，是不是可以考慮呢?中心將電話打到了聯想。
在性能上，中心并沒有太多顧慮。而關鍵是，聯想能否提供軟件移植服務，保證中心運行的軟件能夠在機群上運行。
“當時我們只是試探一下，抱著希望成功的目的。沒想到，移植并不難，而且聯想派出了幾個工程師，將我們的MPI、OpenMP、PVM應用支撐平臺順利遷移到了機群上。”中心這樣回憶。
當然還有其他吸引中心的地方。比如，聯想提供的機群是安騰結點。經過測試，中心發現安騰結點的綜合能力是其他結點的兩倍以上。而且中心私下認為，安騰結點是將來的發展方向。“有些運算對內存要求很高。而安騰能夠支持最多128GB的內存，讓我們不再發愁。”測試數據讓中心在聯想后面打了勾。
“不要以為我們選擇了聯想，就是百分之百滿意。”中心強調，“畢竟我們第一次用機群，不敢把身家性命放在新東西上。”中心以前從來沒用過聯想，不了解情況，要冒一定風險。為了保險起見，中心來了個保險方案—Itanium2結點和Xeon結點并存的混合機型，同時與聯想積極溝通，逐步做調優工作。
2003年底，聯想向上海生物信息中心推薦聯想定制的深騰1800高性能機群服務器產品，即“上海生物信息中心機群系統”。2004年4月簽訂合同，5月底到貨，7月份進入安裝測試，到現在效果不錯。
“用了機群以后，我們忙著做內部應用軟件的遷移。不過這不是一朝一夕的事情，需要慢慢解決。”中心心有不甘，知道自己任重而道遠。下一步，中心開始琢磨與聯想成立聯合實驗室中心，將運算和分析軟件與服務器匹配的問題“扼殺”在實驗室里。同時，中心對機群提出的更高要求也需要寄希望于實驗室，比如磁盤陣列的性能還需要再加強，機群作業的調度系統需要改進，在高強度下某些服務器容易掛起等問題。
到今天，中心總結自己從小型機一步跨越到機群，從國外品牌直接換成國內品牌的經歷還在感慨:繼承以前的選型習慣當然沒錯，但是，打破常規，用更新的產品也是不錯的選擇。
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本文標題：選型，不走老路
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