ERP系統具有實時控制的思想，對各業務中的關鍵控制點的控制方法使企業從傳統的發現問題、事后補救，發展成為現在的事前預防和事中控制。
嚴格的內控制度必然會改變會計機構和人員的分工，優化會計組織結構，有助于防止違法行為的發生，提高會計工作效率和質量，促進會計工作職能的轉變，推動會計理論和會計技術的進步，提高會計工作水平，大幅度增加企業的經濟效益，嚴格的內部控制制度是計算機環境下會計信息真實可靠的保證。
建立完善的采購業務內部控制制度，可以保證采購付款業務循環有效運行，確保采購事項的真實性、合理性、合法性，防止欺詐和舞弊行為，保證會計信息系統正常、有效運行。
ERP系統中加強采購業務內部控制的具體措施主要有以下幾點：
（一）權限的控制
單位應當對采購與付款業務建立嚴格的授權批準制度，明確授權批準方式、權限、程序、責任和相關控制措施，規定經辦人辦理采購與付款業務的職責范圍和工作要求。對各類不同的物資請購，企業應建立完善的責任授權體系。部門物資需求由部門資產主管人負責；特殊請購計劃的制訂必須由公司計劃部、營銷部等相關部門綜合討論決定，與戰略相關的大宗支出還必須取得高層領導的同意。同時，為了保證權責對等，企業應建立適當的考核體系，真正做到誰擁有權利誰承擔責任。例如，某公司賬套主管是李明，采購部業務員王麗向公司上級主管提出請購鍵盤計劃，請購數量為10只，業務員據此填制請購單。此時就必須需要賬套主管李明登錄系統，啟動采購管理系統，執行“采購選項”、“業務及權限控制命令”，在“權限控制”下，選中“檢查業務員權限和檢查操作員權限”復選框。如果賬套主管沒有賦予業務員王麗操作權限，則在王麗錄入請購單時會彈出“對不起，您沒有錄入該部門的權限”窗口。
（二）審批的控制
企業的各個部門都應該力求使采購申請業務制度化，即明確不同類型、不同級別的請購業務審批流程，保證所有的采購申請業務都經過規定的審批程序。對于采購申請、采購訂單、外協加工訂單等，必須經過某一個人的審核才能接著處理下一流程。對于不同的部門可能會指定不同的審核人。不正確的業務更正與刪除，待解報單的處理等都必須嚴格按規定進行，嚴格執行復核制度，充分保證計算機賬務處理不錯不亂。無論是靜態審核，還是動態審核，都要仔細核對輸出的賬務憑證與實際發生的經濟業務是否一致。另外，制定相應的上機守則與操作規程，是操作控制制度化的具體體現。比如固定資產的審核歸口到設備管理部門；計算機等IT設備的采購歸口到IT主管部門；預算審核歸口到財務主管部門；不同級別的人員又分別有不同金額的限制，超過之后必須由更高級別的人審核。
（三）業務執行控制
1．到貨數量控制
控制到貨的數量是否允許超過訂單數量。對采購數量進行控制，采購部門首先應當對每一份請購單審查其請購數量是否在控制限額的范圍內，其次是檢查使用物品或獲得勞務的部門主管是否在采購單上簽字同意。對于大宗采購必須做各種采購數量對成本影響的分析。內部會計控制制度必須對這些成本分析做出強制性的規定，并指定專人對成本分析是否實施進行監督。將各種請購項目進行有效的分類，然后利用經濟批量法測算出成本；對于請購數量不大或者零星請購的物品，采購批量的成本分析控制可參照資金預算來執行。采購量越多，價格相對越低，但并不是采購越多越好，資金周轉率、倉庫儲存的成本等都會直接影響采購成本，應根據資金周轉率、儲存成本物料需求計劃等綜合計算出最經濟的采購量。因此必須事先確定好采購量。使存貨總成本最低的訂購量被稱為經濟訂購量。
2．到貨成本控制
控制到貨成本是否允許超過訂單或合同成本。比如，設置了某一貨物的采購入庫成本不能超過訂單的10％，系統就不允許錄入成本超過訂單10％的采購入庫。從成本的角度來說，采購原材料或待售商品的價格和采購行為本身的成本構成了產品成本中相當大的一部分，因此，采購作業對企業盈利能力和財務流動性有著顯著影響。采購作業和存貨管理有著密切的關系，可以說，企業采購作業的成本在很大程度上取決于存貨管理的質量。科學的、精確的存貨管理會在保證正常生產的基礎上，最大程度地降低采購作業的成本。
3.儲存成本
當企業有存貨時就會有保管費用的發生，這一費用包括占用在存貨中的資金不能再投資的機會成本及場地租金、保險費等與儲存有關的費用。因此，為了節約儲存成本，企業應盡量減少庫存量。對于這類成本，理想的狀況是降低到零，這就是及時采購的主要思想。可以通過以下措施來解決這一問題：1）減少供應商數目，這樣就減少了談判的時間；2）調用供應商檔案，選擇信譽好的供應商，以降低檢驗和質量成本。
（四）付款控制
付款控制應該屬于應付賬款系統，但是實際引發的原因在采購系統。控制付款可以通過以下辦法來進行控制：
（1）財務部門在辦理付款業務時，應當對購貨發票、供應商發票、結算憑證、訂購單、驗收單以及入庫單等資料的真實性、完整性、一致性、合法性進行嚴格審核。對于未經核準的款項不能支付，對于上述資料不全的款項，應要求補齊資料后，才能支付。
（2）會計人員要及時核銷已經完成了付款程序的采購業務，并對應付賬款、預付賬款等重要賬戶進行嚴格管理。
（3）更改供應商設置，控制對該供應商的應付賬款。
（4）企業也可在系統內設置預警。公司設立請款控制，由財務人員對部門預算和付款要求核實后給予批準；出納依據ERP中的供應商信息，銀行轉賬付款或簽發票據。這里供應商賬號信息的維護是企業需要關注的重點。會計人員依據付款單制單，為了確保業務的準確，建立企業與銀行間、企業與供應商間的對賬機制也是很有必要的。
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